Come reinizializzare i file /var/lib/mysql?

Dovresti essere in grado di eseguire solo mysql_install_db dalla riga di comando

mysql_install_db inizializza la directory dei dati MySQL e crea le tabelle di sistema che contiene, se non esistono. Inoltre inizializza il tablespace di sistema e le relative strutture dati necessarie per gestire le tabelle InnoDB. A partire da MySQL 5.6.8, mysql_install_db è uno script Perl e può essere utilizzato su qualsiasi sistema con Perl installato. Prima della 5.6.8, è uno script di shell ed è disponibile solo su piattaforme Unix.

Si prega di leggere la documentazione MySQL per intero per mysql_install_db , quindi ...

PROVA !!!

Se non funziona al primo tentativo, fallo

mkdir /var/lib/mysql
mkdir /var/lib/mysql/mysql
chown -R mysql:mysql /var/lib/mysql 

quindi esegui mysql_install_db di nuovo

Per MySQL 5.7> solo:

# Move or remove the original dir
mv /var/lib/mysql /tmp/mysql

# Create a new dir
mkdir /var/lib/mysql

# Change owner to mysql (user and group)
chown -R mysql:mysql /var/lib/mysql

# Create MySQL initial data
mysqld --initialize