Ok, ho trovato la soluzione al mio problema.
Per impostazione predefinita, CygwinX non ascolta più le connessioni tcp (Cyg SSH utilizza i socket Unix per connettersi). Per abilitare le connessioni tcp è necessario aggiungere "-listen tcp" ai parametri della riga di comando. Nel mio caso ho cambiato l'icona "XWin Server" in:
C:\cygwin64\bin\run.exe --quote /usr/bin/bash.exe -l -c "cd; /usr/bin/startxwin -- -multiwindow -listen tcp"