Sono riuscito a riprodurre nuovamente il problema ed è stato il risultato di una grande cache del disco. Le cache del mio disco possono superare gli 8 GB e sembra che ad alcune applicazioni non piaccia e l'I/O ne risenta.
Eliminazione delle cache del disco con echo 3 > /proc/sys/vm/drop_caches come root risolve il problema. Al momento non so perché le cache su disco di grandi dimensioni causino questo degrado dell'I/O.
Ultimo aggiornamento: Dopo ulteriori indagini ho scoperto che il numero di file nella cache stava causando il problema. Stava distruggendo i dischi mentre cercava di rimettere molti piccoli file sul disco. Dato che usavo il sistema da dieci anni, ho fatto il grande passo e ho reinstallato Debian a 64 bit. Ora funziona senza problemi. Probabilmente è stato un effetto collaterale di dieci anni di aggiornamento con il rilevamento dei limiti del sistema operativo a 32 bit.
Ci sono messaggi sospetti in dmesg ?
Altri strumenti che potresti provare per ottenere informazioni sui colli di bottiglia del tuo sistema:
- dstat
- top latenza
- sysprof