Penso di trovare la risposta. Sul mio sistema "xdg-mime query filetype ..." usa il comando "file" per ottenere il tipo di file, mentre su Ubuntu usa "gnomevfs".
Sembra che il comando "file" non controlli le voci xml di shared-mime-info, ma guardi nel file "/user/share/file/magic" per ottenere il tipo MIME del file.
Se uso il comando "file" su Ubuntu, non può nemmeno dirmi il tipo MIME corretto.
Studierò come modificare questo file magico.