Puoi utilizzare ext4 ma consiglierei il montaggio con journal_data mode che disattiverà dealloc (allocazione ritardata) che ha causato alcuni problemi precedenti. La disabilitazione di dealloc renderà le nuove scritture di dati più lente, ma renderà meno probabile la perdita delle scritture in caso di interruzione di corrente. Dovrei anche menzionare che puoi disabilitare dealloc senza usare journal_data che ha altri vantaggi (o almeno lo aveva in ext3), come letture leggermente migliorate e, credo, un recupero migliore.
Le estensioni aiuteranno ancora con la frammentazione. Le estensioni rendono l'eliminazione di file di grandi dimensioni molto più veloce di ext3, un'eliminazione di dati di qualsiasi dimensione (singolo file) dovrebbe essere quasi istantanea su ext4 ma può richiedere molto tempo su ext3. (qualsiasi FS basato sull'estensione ha questo vantaggio)
ext4 anche fsck è più veloce di ext3.
Un'ultima nota, c'erano correzioni di bug in ext4 fino a 2.6.31? Fondamentalmente mi assicurerei che tu non stia eseguendo un kernel precedente alla 2.6.32 che è un kernel LTS.
XFS è solido come una roccia ed è stato nel kernel per secoli. Esamina strumenti come xfs_freeze e vedi se è quello che stai cercando. So che questo è molto soggettivo, ma ho utilizzato XFS per l'archiviazione dei dati per anni senza incidenti.
Basta usare uno strumento di backup che supporti i checksum. Ad esempio Dar lo fa e supporta i backup incrementali. Quindi puoi eseguire il backup su un filesystem solido come ext3.
Per i backup vuoi qualcosa di solido/molto stabile. E btrfs o ZFS semplicemente non sono pronti oggi.