La riga chiave qui è questa:
scartando il peer 0:stratum=0
Un server NTP che si identifica come strato 0 è una violazione delle specifiche (è riservato agli orologi atomici o qualcosa del genere). Ho avuto questo problema anni fa con alcuni host BSD e Mac OS X. Ho finito per hackerare lo stratum check out del sorgente e mantenere una build separata del plugin per gli host "problematici".
Le righe incriminate sono 254-257 (attualmente, comunque), se vuoi strapparlo. È un trucco, ma per me funziona;-)
Ho trovato questo thread negli archivi della mailing list a riguardo. Penso che ce ne fosse un altro in cui suggerivo di aggiungere un'opzione della riga di comando per ignorare il controllo dello strato, ma non credo che abbia avuto successo.
C'è anche una segnalazione di bug a riguardo, ma non ha prodotto nulla di utile per quanto ne so.