La soluzione semplice è inserire il tuo comando in uno script e quindi consentire ai tuoi utenti di accedere allo script tramite sudo.
user ALL = (root) NOPASSWD: /path/to/yourscript
Allora
#/bin/bash
chroot /chroots/box /bin/bash -c 'cd /repos/system && git pull'
Assicurati che i tuoi utenti non abbiano accesso in scrittura al tuo script.
modifica:Attenzione, sembra che sudo non gestisca in modo sicuro gli spazi nel comando, quindi non è sicuro usare sudo in questo modo. https://unix.stackexchange.com/a/279142/39281
Invece di usare le virgolette nel file sudoers, puoi evitare gli spazi usando la barra rovesciata:
user ALL = (root) NOPASSWD: chroot /chroots/box /bin/bash -c cd\ /repos/system\ &&\ git\ pull
Puoi ancora usarlo come segue, perché la shell dell'utente gestisce comunque l'argomento tra virgolette:
chroot /chroots/box /bin/bash -c 'cd /repos/system && git pull'
Personalmente mi piace l'altra risposta, metterla in un copione, ma questa risponde alla vera domanda.