Dal momento che hai chiesto le migliori pratiche:la migliore è non installare software non nei repository. Se ciò non è possibile, la migliore pratica è creare pacchetti da esso e utilizzare il gestore di pacchetti di sistema per gestirli.
Dovrai trovare un modo per verificare la presenza di aggiornamenti importanti, ma come farlo dipende da te. Ma se ci sono, devi compilare di nuovo e aggiornare dai nuovi pacchetti.
Hai provato checkinstall (è nei repository Debian)?
Invece di utilizzare make install puoi usare checkinstall e creerà (e installerà) un pacchetto con il software in modo che tu possa seguirlo usando il tuo gestore di pacchetti.