Ci sono progetti come libpst che consentono l'accesso ai file PST dall'interno di Linux, ma dubito che qualsiasi cosa a parte gli stessi strumenti di Microsoft ti darà un output PST "pulito".
Non riesco a capire perché non sei riuscito a connetterti al server IMAP utilizzando Outlook dal tuo machine e copiare semplicemente i messaggi in uno o più archivi PST montati in Outlook:questo produrrà risultati prevedibilmente validi. Se sei preoccupato per il numero di operazioni manuali necessarie per tale attività, potresti prendere in considerazione l'utilizzo di VBA di Outlook per la ricorsione della cartella di script e la copia dei messaggi utilizzando il metodo CopyTo.