Il modello di autorizzazioni di Linux significa che, anche se sei l'unico utente del tuo computer, non sei l'unico utente del sistema. Molti servizi creeranno il proprio account utente per l'esecuzione, ad esempio Apache di solito verrà eseguito con il proprio account dedicato.
Quello che noterai anche è che la tua cartella Inizio di solito è accessibile solo al tuo account - cioè permessi 700 o drwx------ . Ciò significa che solo tu puoi accedere alla tua cartella Inizio, anche se le sottocartelle all'interno di quella cartella hanno pieno accesso.
Questa combinazione fornisce un utile equilibrio. Le autorizzazioni predefinite consentono agli account di servizio di leggere qualsiasi file sul sistema di cui potrebbero aver bisogno, ma non possono modificare nulla. Tutti i file che sono personali per te dovrebbero essere nella tua cartella home, quindi un servizio non autorizzato non sarà in grado di accedervi.
Potresti trovare il Filesystem Hierarchy Standard una lettura utile. Questo delinea le autorizzazioni e le funzioni generalmente previste per i sistemi Unix/Linux e la maggior parte delle distribuzioni si atterrà a questo.