Può darsi che, quando avvii Linux, hai lasciato Windows in uno stato di sospensione/ibernazione piuttosto che spegnerlo. (Windows 10 è notoriamente resistente all'arresto corretto.) Windows potrebbe mantenere parte del file system memorizzato nella cache (ad esempio, il file di paging) e non si aspetta che qualche altro sistema operativo abbia modificato il disco.
Cerca di capire come davvero chiudi Windows.
Le recenti versioni di Windows includono ottimizzazioni all'avvio che comportano la memorizzazione nella cache dei dati del disco in un luogo diverso rispetto allo stesso disco, il che provoca il comportamento che hai riscontrato quando si accede al disco da un sistema operativo diverso.
Puoi utilizzare i Criteri di gruppo Disattiva ottimizzazioni di avvio e riprendi (che si trova in Configurazione computer\Modelli amministrativi\Sistema\Disk NV Cache) che dovrebbe fare in modo che Windows memorizzi solo i file che si trovano nella loro partizione. Sono disponibili anche altre impostazioni di memorizzazione nella cache non volatile, ma questa dovrebbe risolvere il problema.