Non sono sicuro al 100% su come funzioni esattamente JAD, ma in base alle informazioni che ho trovato in questo file README, questo find comando dovrebbe darti un sussulto:
find . -type f -name '*.class' |\
while IFS= read -r java_class_path
do
java_dirname=$(dirname "${java_class_path}")
jad -sjava -d"${java_dirname}" "${java_class_path}"
done
Il -s l'opzione imposterà l'estensione di output su .java e il -d imposta una directory di destinazione per l'output del file in base a dove si trova il .class originale il file è stato trovato tramite find . La chiave per risolvere problemi come questo è capire che non sei la prima persona a voler inviare l'output della riga di comando a un'altra destinazione.