Potrebbe essere SE Linux. Se il contesto del file non è corretto, eseguilo come root dovrebbe risolvere.
restorecon -Rv /home/user/.ssh
Controlla anche i permessi su /home/user/.ssh non sono completamente aperti. SSHD è molto particolare riguardo a questo.
chmod 0700 /home/user/.ssh
Ho riscontrato un problema simile e nel mio caso la causa era la proprietà errata sia della directory .ssh che del file .ssh/authorized_keys. Per risolvere questo problema, in /home/user come root:
chown user:user .ssh
chown user:user .ssh/authorized_keys
Il tuo authorized_keys il file dovrebbe avere i permessi rw------- . Esegui:
chmod 600 ~/.ssh/authorized_keys
E proprio come nota la tua chiave privata (tipicamente id_rsa ) sul client dovrebbe avere le stesse autorizzazioni.