In generale, non ho idea del perché non sia mappato come dovrebbe. Ma ho trovato una soluzione per questo:
ffmpeg -i 01300.mov -filter_complex "[0:v]null[video_out];[0:a]anull[audio_out]" -map [video_out] -map [audio_out] out.mov
Sembra che ffmpeg non riesca a mappare correttamente questo terzo flusso.
Rispondo a questa domanda poiché compare su Google Search (per aiutare gli altri a cercare soluzioni).
Questo problema è stato risolto a partire da questo ticket, https://trac.ffmpeg.org/ticket/5492, e puoi eliminare la traccia aggiungendo -write_tmcd 0 al comando ffmpeg.
Questo è specifico per un Data (tmcd) traccia. Per altri (sottotitoli, dati in generale, ecc.), una combinazione di -dn , -map -0:d e comandi simili dovrebbero aiutare.