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Come posso specificare un disco diverso come root in grub.cfg durante l'esecuzione di grub-mkconfig (da script/non interattivo)?

Sì, chroot andrà bene, comunque , assicurati che il sistema chroot dall'adattamento al sistema che tu chroot dentro.

Il chroot viene utilizzato per spostare un sistema operativo su un nuovo disco senza riavviare, installare un sistema operativo e altre attività che richiedono l'installazione di un nuovo file system.

Come chroot con i montaggi corretti, far corrispondere il sistema attuale (Kernel) ad un nuovo file system. Installa e configura GRUB 2 e possibilmente esegui più attività.

1) Montare la normale partizione di sistema. X è la lettera dell'unità. Y è il numero della partizione:
sudo mount /dev/sdXY /mnt

2) Se si utilizza un disco o una partizione di avvio separato, è necessario montarlo (dove sdXY è la designazione della partizione /boot):
sudo mount /dev/sdXY /mnt/boot

3) Montare i filesystem virtuali critici (Kernel):
for i in /dev /dev/pts /proc /sys /run; do sudo mount -B $i /mnt$i; done

4) Chroot nel nuovo file system:
sudo chroot /mnt

5) Installare GRUB 2 sull'unità che il BIOS è configurato per l'avvio. Se l'unità fa parte di una configurazione RAID, ripetere il comando con tutte le lettere di unità utilizzate nell'array.
(Specifica solo una lettera di unità perché il record di avvio principale è installato in un modo molto specifico):
grub-install /dev/sdX

6) Generare il file del menu di GRUB 2 (grub.cfg):
update-grub

7) Eseguire altre attività come aggiornamenti, installare applicazioni, configurare, ecc.:
...

8) Uscire da chroot:
CTRL-D sulla tastiera

https://help.ubuntu.com/community/Grub2/Installing#via_ChRoot


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