Puoi usare il PDF Toolkit PDFtk:
Esempio:
pdftk A=inA.pdf B=inB.pdf cat A1-12 B3 A14-end output out1.pdf
L'output consiste nelle prime 12 pagine di inA.pdf , seguito dalla pagina 3 di inB.pdf e poi pagine 14 fino alla fine di inA.pdf .
Molte distribuzioni Linux forniscono un pacchetto PDFtk che puoi scaricare e installare utilizzando il loro gestore di pacchetti.
Puoi anche usare qpdf che è open source:
Stesso esempio dell'altra risposta:
qpdf --empty --pages inA.pdf 1-12 inB.pdf 3 inA.pdf 14-z -- out1.pdf