Con qpdf:
$ qpdf --decrypt restricted-input.pdf unrestricted-output.pdf
Probabilmente puoi usare pdftk. Qualcosa come
pdftk in.pdf output out.pdf allow AllFeatures
dovrebbe fare il lavoro.
Se hai ghostscript installato provare semplicemente:
gs -sPDFPassword=$PASS -q -dNOPAUSE -dBATCH -sDEVICE=pdfwrite -sOutputFile=%stdout% -c .setpdfwrite -f locked.pdf > unlocked.pdf