Sì, è una funzionalità integrata di PulseAudio. Vari "mixer di volume" compatibili con PA come pavucontrol o ponymix ti permetterà di assegnare un output diverso per ogni programma (supponendo che PA riconosca effettivamente quegli output come separati).
Prova le caramelle all'orecchio. Non solo è possibile passare da un output all'altro quando sono collegati, ma anche indirizzare diversi programmi ad altri output come si sta cercando (e molti altri piccoli miglioramenti).