Ho lo stesso problema con Xming ed Eclipse. Per risolvere questo problema, puoi modificare manualmente Workspace/.metadata/.plugins/*/dialog_settings.xml .
Puoi trovare un valore problematico facendo come :
$ cd workspace/.metadata/.plugins
$ grep WIDTH */*.xml
or
$ grep HEIGHT */*.xml
In questo modo, puoi trovare facilmente valori troppo piccoli/grandi.
Penso che Xming sia un ottimo lavoro, ma ho qualche motivo personale per non donarlo.
Mi sembra di aver trovato una soluzione migliore per questo, c'è un'alternativa aperta a Xming chiamata VcXsrv, che sembra essere attiva al momento. E sì, la sua ultima versione consente di ridimensionare le finestre secondarie senza problemi.