Storico, in parte. Non sono sicuro che "secondario" sia più usato per qualcosa.
- "clipboard" è ciò che viene utilizzato dalla maggior parte dei Ctrl +X /C /V;è la clipboard in cui metti le cose apposta.
- "primario" è ciò che contiene qualsiasi testo sia attualmente selezionato; è il modo in cui X tiene traccia di ciò che è selezionato e può essere convenientemente incollato facendo clic con il pulsante centrale (o, se sei fantastico, facendo clic contemporaneamente sui pulsanti destro e sinistro ora) o con Maiusc +Inserisci in
xterm.
Controlla qui e qui.
tl;dr:Vedi il post di Singpolyma.