Zip supporta le autorizzazioni *nix, ma non esiste uno strumento in Windows che ti permetta di impostarle arbitrariamente. È comunque possibile scrivere uno script Python che possa impostarli.
Puoi utilizzare la finestra mobile per comprimere i file, comprese le autorizzazioni su Windows
docker run -it --rm -v c:/Users/john/some/where:/data alpine
# within container do
apk add zip && cd /data && zip -r archive.zip dir-to-be-zipped