Comando Conda che funziona nel prompt dei comandi ma non nello script bash

Se il metodo di @randomwalker non funziona per te, cosa che non succederà ogni volta che il tuo script viene eseguito in una shell più semplice come sh, allora hai due opzioni.

1. Aggiungi questo al tuo script:eval $(conda shell.bash hook)

2. Chiama il tuo script con:bash -i <scriptname> in modo che funzioni nel tuo ambiente interattivo.

Ho risolto il problema grazie al commento di @darthbith.

Dal conda è una funzione bash e le funzioni bash non possono essere propagate a shell indipendenti (ad esempio aperte eseguendo uno script bash), è necessario aggiungere la riga

source /opt/anaconda/etc/profile.d/conda.sh

allo script bash prima di chiamare i comandi conda. Altrimenti bash non saprà di conda.