Dopo aver fatto molte ricerche l'ho trovato.
Devi annullare l'impostazione del layout di installazione di Python
unset PYTHON_INSTALL_LAYOUT
quindi aggiorna letsencrypt
/opt/letsencrypt/letsencrypt-auto -v
per ulteriori informazioni consultare questo blog https://o-mkar.com/facing-problem-while-renewing-letsencrypt-certificates-importerror-no-module-named-interface-amazon-linux
sudo pip uninstall zope.interface
e reinstallare zope.interface
sudo pip install zope.interface