Di solito è il python-dev lib mancanti. Sei sicuro che la configurazione utilizzi python 3 invece di python 2? Perché se è così dovresti installare python-dev invece di python3-dev .
Stesso problema se costruisci watchman sotto rasbian/raspberry. Installa "python-dev".
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git clone https://github.com/facebook/watchman.git
cd watchman
./autogen.sh
./configure
make
sudo make install
l'ho fatto anche io
sudo apt-get install python3-dev
mi dava ancora l'errore quindi ho eseguito questo comando
sudo apt-get install python-dev
dopodiché.
make
sudo make install