Ho avuto lo stesso problema, probabilmente hai installato numpy senza Anaconda, quindi c'è un conflitto per questo, quale numpy usare:quello installato con pip o con conda. Quando ho rimosso numpy non Anaconda, l'errore è andato.
pip uninstall numpy
Per gli utenti cython:
Questo post è stato utile. Il post spiega che esiste un flag (--with-fpectl), che viene impostato o meno durante la compilazione di cpython. Quando una libreria è stata compilata usando un cpython senza quel flag, è incompatibile con una versione con quel flag impostato. Questo effetto viene visualizzato solo quando usi cython, poiché lo stesso numpy non usa questa estensione.
Come ulteriormente affermato in quel post, il mio Ubuntu 16.04 è stato creato con questo flag e Conda senza di esso. Per me, era specificamente il modulo hmmlearn lanciare l'errore di simbolo indefinito. Questo deve essere il caso perché è stato spedito da Ubuntu con il flag impostato e non da anaconda. Quindi ho disinstallato hmmlearn e l'ho installato di nuovo manualmente dal codice sorgente (Anaconda, sfortunatamente, non offre hmmlearn). --> Funziona!