Questo è un po' disordinato, ma funziona come una soluzione semplice da avere nella cronologia dei comandi. Tutti gli strumenti standard. L'output è praticamente lo stesso di quello che ottieni da una normale chiamata qstat, ma non otterrai le intestazioni:
Una riga:
qstat -xml | tr '\n' ' ' | sed 's#<job_list[^>]*>#\n#g' \
| sed 's#<[^>]*>##g' | grep " " | column -t
Descrizione dei comandi:
Elenca lavori come XML:
qstat -xml
Rimuovi tutte le nuove righe:
tr '\n' ' '
Aggiungi una nuova riga prima di ogni voce di lavoro nell'elenco:
sed 's#<job_list[^>]*>#\n#g'
Rimuovi tutto il materiale XML:
sed 's#<[^>]*>##g'
Hack per aggiungere una nuova riga alla fine:
grep " "
Colonna:
column -t
Esempio di output
351996 0.50502 ProjectA_XXXXXXXXX_XXXX_XXXXXX user123 r 2015-06-25T15:38:41 [email protected] 1
351997 0.50502 ProjectA_XXX_XXXX_XXX user123 r 2015-06-25T15:39:26 [email protected] 1
351998 0.50502 ProjectA_XXXXXXXXXXXXX_XXXX_XXXX user123 r 2015-06-25T15:40:26 [email protected] 1
351999 0.50502 ProjectA_XXXXXXXXXXXXXXXXX_XXXX_XXXX user123 r 2015-06-25T15:42:11 [email protected] 1
352001 0.50502 ProjectA_XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX_XXXX_XXXX user123 r 2015-06-25T15:42:11 [email protected] 1
352008 0.50501 runXXXX69 usr1 r 2015-06-25T15:49:04 [email protected] 1
352009 0.50501 runXXXX70 usr1 r 2015-06-25T15:49:04 [email protected] 1
352010 0.50501 runXXXX71 usr1 r 2015-06-25T15:49:04 [email protected] 1
352011 0.50501 runXXXX72 usr1 r 2015-06-25T15:49:04 [email protected] 1
352012 0.50501 runXXXX73 usr1 r 2015-06-25T15:49:04 [email protected] 1
352013 0.50501 runXXXX74 usr1 r 2015-06-25T15:49:04 [email protected] 1
Forse una soluzione più semplice:imposta SGE_LONG_JOB_NAMES su -1 e qstat calcolerà la dimensione della colonna del nome:
export SGE_LONG_JOB_NAMES=-1
qstat -u username
Funziona per me.
Saluti!
Attualmente sto scrivendo il mio qstat wrapper per ottenere un output pulito, utile e personalizzabile.
Ecco il repository github. Il progetto è cresciuto troppo perché il codice possa essere incollato in questo messaggio.
Viene fornito con un programma di installazione e dovrebbe funzionare senza problemi sia con Python 2.7 che con 3 (lo script di installazione apporta le modifiche se necessario). qjobs -h fornisce un aiuto sulle opzioni disponibili. Scriverò una documentazione più completa nei prossimi giorni sul wiki di github.
Aggiornerò questo messaggio il più spesso possibile per attenermi allo stato attuale del progetto. Non esitare a commentare qui (o su github) per richiedere funzionalità/segnalare problemi.
Nel prossimo futuro, cercherò di aggiungere una modalità completamente interattiva per sfogliare più facilmente l'elenco dei lavori. Naturalmente, il classico output di testo sarà ancora disponibile (potrebbe essere utile inviare l'output via e-mail o per un rapido controllo dei lavori in sospeso/in esecuzione).
Esempio di output
Comando qjobs dà:
5599109 short_name r 2015-06-25 10:27:39 queue1
5599110 jobName r 2015-06-25 10:35:39 queue2
5599111 a_long_job_name qw 2015-06-25 10:40:39
5599112 foo qw 2015-06-25 10:40:39
5599113 bar qw 2015-06-25 10:40:39
5599114 baz qw 2015-06-25 10:40:39
5599115 beer qw 2015-06-25 10:40:39
tot: 7
r: 2 qw: 5
Comando qjobs -o dà:
tot: 7
r: 2 qw: 5
Comando qjobs -o inek -t dà (e è il tempo trascorso dall'ora di inizio/sub, il formato è personalizzabile utilizzando le specifiche del formato. Mini-linguaggio di Python; k è il nome completo della coda, con il dominio):
5598985 SpongeBob 522:02 (21.75 days) [email protected]
5598987 ping_java 521:47 (21.74 days) [email protected]
5598988 run3.14 521:46 (21.74 days) [email protected]
5598990 strange_job_42 521:42 (21.74 days) [email protected]
5598991 coffee-maker 521:39 (21.74 days) [email protected]
5598992 dumbtask 521:29 (21.73 days) [email protected]
qjobs -i fornisce un elenco completo degli "articoli" disponibili. Ognuno di questi articoli è disponibile come:
- un output di colonna (con
-o ITEMS); - come criterio per contare il lavoro e produrre l'output totale, con
-t(ad es.-t scontare per stato come nei primi due esempi); - come criterio per ordinare il lavoro con
-s, il valore predefinito è-s ipsciò significa che l'elenco dei lavori viene ordinato per ID, quindi per priorità e infine per stato prima di essere stampato.
Il risultato di qjobs -i è:
i: job id
p: job priority
n: job name
o: job owner
s: job state
t: job start/submission time
e: elapsed time since start/submission
q: queue name without domain
d: queue domain
k: queue name with domain
r: requested queue(s)
l: number of slots used
Questo script funziona abbastanza bene. Sembra che provenga da Cambridge. http://www.hep.ph.ic.ac.uk/~dbauer/grid/myqstat.py
Per Python 3:
#!/usr/bin/python
import xml.dom.minidom
import os
import sys
import string
f=os.popen('qstat -u \* -xml -r')
dom=xml.dom.minidom.parse(f)
jobs=dom.getElementsByTagName('job_info')
run=jobs[0]
runjobs=run.getElementsByTagName('job_list')
def fakeqstat(joblist):
for r in joblist:
try:
jobname=r.getElementsByTagName('JB_name')[0].childNodes[0].data
jobown=r.getElementsByTagName('JB_owner')[0].childNodes[0].data
jobstate=r.getElementsByTagName('state')[0].childNodes[0].data
jobnum=r.getElementsByTagName('JB_job_number')[0].childNodes[0].data
jobtime='not set'
if(jobstate=='r'):
jobtime=r.getElementsByTagName('JAT_start_time')[0].childNodes[0].data
elif(jobstate=='dt'):
jobtime=r.getElementsByTagName('JAT_start_time')[0].childNodes[0].data
else:
jobtime=r.getElementsByTagName('JB_submission_time')[0].childNodes[0].data
print(jobnum, '\t', jobown.ljust(16), '\t', jobname.ljust(16),'\t', jobstate,'\t',jobtime)
except Exception as e:
print(e)
fakeqstat(runjobs)
Per Python 2:
#!/usr/bin/python
import xml.dom.minidom
import os
import sys
import string
#import re
f=os.popen('qstat -u \* -xml -r')
dom=xml.dom.minidom.parse(f)
jobs=dom.getElementsByTagName('job_info')
run=jobs[0]
runjobs=run.getElementsByTagName('job_list')
def fakeqstat(joblist):
for r in joblist:
jobname=r.getElementsByTagName('JB_name')[0].childNodes[0].data
jobown=r.getElementsByTagName('JB_owner')[0].childNodes[0].data
jobstate=r.getElementsByTagName('state')[0].childNodes[0].data
jobnum=r.getElementsByTagName('JB_job_number')[0].childNodes[0].data
jobtime='not set'
if(jobstate=='r'):
jobtime=r.getElementsByTagName('JAT_start_time')[0].childNodes[0].data
elif(jobstate=='dt'):
jobtime=r.getElementsByTagName('JAT_start_time')[0].childNodes[0].data
else:
jobtime=r.getElementsByTagName('JB_submission_time')[0].childNodes[0].data
print jobnum, '\t', jobown.ljust(16), '\t', jobname.ljust(16),'\t', jobstate,'\t',jobtime
fakeqstat(runjobs)