Finalmente ho trovato il problema. Quando Dbus cerca i file di configurazione per il punch out dei permessi (come le proprietà) il file non solo deve essere in system.d/ ma deve anche terminare in .conf.
Il mio file di configurazione "org.dbus.arduino" avrebbe dovuto essere "org.dbus.arduino.conf". Ho rimosso il codice da system.conf. Confermato che non avevo più i permessi, creato un file di configurazione in "system.d/org.dbus.arduino.conf", mi sono stati concessi i permessi. Ho quindi tentato di rinominare il file solo in "org.dbus.arduino" e ho confermato che le autorizzazioni erano state negate.