Dai un'occhiata alle pagine man, sulla tua macchina o su Internet, come questa.
Citazione:
-c string
If the -c option is present, then commands are read from string.
If there are arguments after the string, they are assigned to the positional
parameters, starting with $0.
Citazione da man bash :
-c stringa Se è presente l'opzione -c, i comandi vengono letti dalla stringa.
Se ci sono argomenti dopo la stringa, vengono assegnati ai parametri posizionali, a partire da $0.
Il comando da te citato aggiunge il testo in heredoc (cioè il testo in VirtualHost tag) nel file /etc/apache2/sites-available/magento-store.com .
La pagina di manuale per Bash (ad esempio man bash ) dice che il -c opzione esegue i comandi da una stringa; cioè tutto tra virgolette.