Usa:
import os
print os.sep
per vedere come appare il separatore su un sistema operativo corrente.
Nel tuo codice puoi usare:
import os
path = os.path.join('folder_name', 'file_name')
Puoi usare os.sep:
>>> import os
>>> os.sep
'/'
Usa os.path.join()
.Esempio:os.path.join(pathfile,"output","log.txt")
.
Nel tuo codice sarebbe:rootTree.write(os.path.join(pathfile,"output","log.txt"))