Non modificare .config direttamente, a meno che tu non sia un esperto di Kbuild (e se lo chiedi, non sei un esperto di Kbuild). Invece esegui make menuconfig o make xconfig per caricare il sistema di configurazione basato su menu. In alternativa, make config eseguirà un processo di configurazione basato sulla linea (dove ti pone diverse centinaia di domande su cosa configurare - non raccomandato). L'opzione pertinente è in "Tipo di processore e caratteristiche" come "Frequenza del timer".
Detto questo, potrebbe non essere necessario. Linux moderno può utilizzare timer di eventi ad alta risoluzione (CONFIG_HIGH_RES_TIMERS ) per ottenere timer a bassa latenza anche senza aumentare la frequenza del timer. Con un sistema tickless (CONFIG_NO_HZ ), la frequenza del timer ha poco effetto.
D'altra parte, non sono sicuro di quale supporto del timer abbiano le CPU Geode. Potresti voler eseguire cyclictest con varie configurazioni del kernel per vedere di cosa hai bisogno per ottenere prestazioni a bassa latenza. Il test che hai eseguito verifica la massima frequenza di invio, non la latenza di invio, quindi il confronto con i risultati di cyclictest sarebbe interessante. Se hai davvero bisogno bassa latenza, potrebbe essere interessante anche il set di patch CONFIG_PREEMPT_RT.
Per modificare l'impostazione del timer è necessario ricompilare il kernel. Cambia l'opzione in qualche strumento di configurazione del menu standard, piuttosto che nel file di testo.
/boot/config... i file ti dicono solo cosa è installato nello specifico binario del kernel. Questo non è un file di configurazione che puoi modificare.