Nel mio caso, la soluzione era solo quella di seguito.
set signcolumn=no
:set foldcolumn=0
Sembra che qualche plugin crei un segno. Prova a fare
sign unplace *
Per scoprire dove si trova questo plugin, prova
vim /path/to/file/that/causes/problem -c 'redir! >/tmp/scriptnames' -c scriptnames -c 'redir END' -c 'qa!'
perl -p -i -e 's/^\s*$//g;s/^\s*\d+:\s//g' /tmp/scriptnames
grep -F -w 'sign define' `cat /tmp/scriptnames`