Questo thread aiuta? Più precisamente questa parte:
Da questo, mi sembra che tu abbia forzato WinSCP a utilizzare il trasferimento in modalità testo, che implica la conversione unix->dos. Basta forzare la modalità binaria per evitare la conversione.
Non sono riuscito a capire perché avevo il problema degli spazi bianchi, ma sono riuscito a capire come ignorare gli spazi bianchi.
Puoi usare:
svn diff -x'-uw --ignore-eol-style'
Questo ha funzionato abbastanza bene.