Bio-Linux è stato introdotto e dettagliato in un documento sulla biotecnologia della natura nel luglio 2006. La distribuzione è stata uno sforzo di gruppo del Consiglio di ricerca sull'ambiente naturale nel Regno Unito. Come sottolineano i creatori e gli autori, le richieste di analisi della scienza "-omica" (genomica, proteomica, metabolomica) ad alto rendimento ha reso necessario lo sviluppo di soluzioni informatiche integrate per analizzare le montagne risultanti di dati sperimentali.
Da questa esigenza è nata Bio-Linux. La distribuzione, secondo i suoi creatori, funge da "piattaforma workstation bioinformatica gratuita che può essere installata su qualsiasi cosa, da un laptop a un server di grandi dimensioni". L'attuale versione della distribuzione, Bio-Linux 8, è basata su una base Ubuntu 14.04 LTS. Pertanto, l'aspetto generale di Bio-Linux è simile a quello di Ubuntu.
Nel mio lavoro di immunologo ricercatore, posso attestare sia la necessità che il successo dell'approccio software integrato nella progettazione e nello sviluppo di Bio-Linux. Bio-Linux funziona come una vera soluzione chiavi in mano per i requisiti della pipeline di dati della scienza moderna. Come menzionato nel sito Web, Bio-Linux include più di 250 pacchetti software preinstallati, molti dei quali sono specifici per i requisiti dell'analisi dei dati bioinformatici.
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La potenza di questo approccio diventa immediatamente evidente quando si tenta di duplicare il processo di installazione del software con un altro sistema operativo. L'integrazione di tutti i componenti software e l'installazione di tutte le dipendenze richieste richiede molto tempo e in alcuni casi non è nemmeno possibile al di fuori del sistema operativo Linux. La distribuzione Bio-Linux fornisce un ambiente portatile, stabile e integrato con un software preinstallato sufficiente per iniziare una vasta gamma di attività di analisi bioinformatica.
A questo punto probabilmente stai dicendo:"Sono venduto, come posso ottenere questa fantastica distribuzione?"
Sono felice che tu l'abbia chiesto. Inizierò col dire che c'è un'ottima documentazione sul sito web di Bio-Linux. Questa documentazione copre sia le istruzioni di installazione che una panoramica molto completa dell'utilizzo della distribuzione.
La distribuzione può essere installata ed eseguita localmente, eseguita da un CD/DVD o USB, installata su un server o esaurita da un ambiente di macchina virtuale. Per iniziare il processo di installazione per l'installazione locale, scarica l'immagine del disco o l'ISO per la distribuzione Bio-Linux. L'immagine del disco è un file da 3,3 GB e, a seconda della velocità di download di Internet, questo potrebbe essere un buon momento per prendere una tazza di caffè o fare un bel pisolino.
Una volta scaricata la ISO, gli sviluppatori di Bio-Linux consigliano di utilizzare UNetBootin, un pacchetto software multipiattaforma disponibile gratuitamente utilizzato per creare USB avviabili. È disponibile un collegamento per UNetBootin sul sito Web di Bio-Linux. Posso attestare l'efficacia di UNetBootin sia nei sistemi operativi Mac che Linux.
Sui sistemi operativi della famiglia Unix (Mac OS e Linux), è anche possibile creare una USB avviabile dalla riga di comando utilizzando dd comando:
[sudo smonta “Posizione USB”
sudo dd bs=4M if=”Posizione ISO” di =”Posizione USB” conv=fdatasync]
Indipendentemente dal metodo che utilizzi, questo potrebbe essere un altro buon momento per una pausa caffè.
A questo punto della mia installazione, UNetBootin sembrava bloccarsi in squashfs trasferimento di file durante la creazione USB avviabile. Tuttavia, un rapido controllo dell'applicazione dei dischi di Ubuntu ha confermato che il file era ancora in fase di scrittura sull'USB. In altre parole, sii paziente:ci vuole un po' di tempo per creare l'USB avviabile.
Una volta che hai bevuto il tuo caffè e hai una USB finita in mano, sei pronto per usare Bio-Linux. Come sottolinea il sito Web di Bio-Linux, se stai cercando di utilizzare un'USB avviabile con un computer Mac (in particolare le versioni hardware più recenti), potresti non essere in grado di eseguire l'avvio dall'USB. Esistono soluzioni alternative, ma implicano la configurazione del sistema per il dual boot. Allo stesso modo, su macchine basate su Windows, potrebbe essere necessario apportare modifiche all'ordine di avvio e possibilmente alle impostazioni di avvio protetto per la macchina dall'interno del BIOS.
Da questo punto, dipende da te come utilizzare la distribuzione. Puoi eseguire la distribuzione dall'USB per testarla. Puoi installare la distribuzione sul tuo computer. Puoi anche seguire le istruzioni sul sito Web di Bio-Linux per creare un'istanza VM della distribuzione o eseguirla su un server. Indipendentemente da come la utilizzi, hai a disposizione una potente workstation per l'analisi dei dati bioinformatica.
Forse hai un'esigenza professionale per una tale workstation, ma anche se non usi mai Bio-Linux come ricercatore professionista, potrebbe fornire una grande risorsa per i professionisti dell'insegnamento della biologia a tutti i livelli per introdurre gli studenti ai moderni principi della bioinformatica. Al prezzo di un laptop e di una USB, ogni scuola può avere una risorsa didattica in silico per integrare le lezioni in classe nell'era "-omics". Le tue uniche limitazioni sono la tua creatività e le prestazioni del tuo hardware.
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In quanto sistema operativo open source con un forte supporto della comunità, il kernel Linux condivide molti dei punti di forza comuni ad altre iniziative di successo nel software open source. Linux tende ad essere stabile e suscettibile di personalizzazione. È anche abbastanza indipendente dall'hardware, in grado di funzionare insieme ad altri sistemi operativi su un'ampia gamma di configurazioni hardware. In effetti, l'installazione di Linux è un metodo comune per recuperare l'usabilità da hardware datato che non è in grado di eseguire altri sistemi operativi moderni. Linux è anche altamente portatile e può essere eseguito da qualsiasi dispositivo di archiviazione esterno avviabile, come un'unità USB, senza la necessità di installare permanentemente il sistema operativo.
È questa combinazione di stabilità, personalizzazione e portabilità che inizialmente mi ha portato a Linux. Ogni variante del sistema operativo Linux viene definita distribuzione (o distro ), e sembra che ci sia una distribuzione Linux per ogni immaginabile scenario o desiderio di elaborazione. Le opzioni possono effettivamente essere piuttosto intimidatorie e sospetto che spesso scoraggino le persone dal provare Linux.
"Quante distribuzioni diverse possono esserci?" potresti chiederti. Se hai qualche minuto, o anche qualche ora, dai un'occhiata a DistroWatch.com. Come suggerisce il nome, questo sito è dedicato alla catalogazione di tutto ciò che riguarda la distribuzione Linux. Per gli studenti visivi, c'è un incredibile albero genealogico di Linux che lo mette davvero in prospettiva.
Sebbene interi libri siano dedicati all'argomento delle distribuzioni Linux, le differenze spesso dipendono dal software incluso nell'installazione di base, da come viene gestito il software e dalle differenze grafiche che influiscono sull'aspetto grafico della distribuzione. Certamente, ci sono anche sottigliezze di compatibilità hardware, velocità e stabilità.