Soluzione 1:
fsck sicuramente causa più danni che benefici se l'hardware sottostante è in qualche modo danneggiato; CPU difettosa, RAM difettosa, un disco rigido morente, controller del disco guasto... in questi casi è inevitabile una maggiore corruzione.
In caso di dubbio, è una buona idea prendere solo un'immagine del disco danneggiato con dd_rescue o qualche altro strumento, quindi verifica se riesci a correggere correttamente quell'immagine. In questo modo hai ancora a disposizione la configurazione originale.
Soluzione 2:
Ne hai visto uno esempio dove fsck ha funzionato, ma ho visto più di un numero sufficiente di file system danneggiati in cui non ha funzionato affatto correttamente. Se funzionasse in modo completamente automatico, potresti non avere alcuna possibilità di fare cose come un dd dump del disco o qualcosa del genere che in molti casi sarebbe un'ottima idea da fare prima di tentare una riparazione.
Non è mai, mai una buona idea provare qualcosa del genere automatico.
Oh, e i server moderni dovrebbero avere console remote o almeno sistemi di salvataggio indipendenti per ripristinare da qualcosa del genere senza trascinare un rack KVM sul server.