Soluzione 1:
Finalmente ho trovato il problema.
Ho pensato che il processo 1 (systemd) fosse stato avviato con --switched-root e --deserialize .E come ho trovato in quel link sembra che ci siano dei parametri interni che provano a ricaricare uno stato precedentemente salvato.
Ho eseguito un kill -9 sul processo 1 e ora systemd appare senza root commutato e systemctl funziona di nuovo con o senza riavvio.
Soluzione 2:
Due soluzioni alternative al problema:
1- riavviare con
systemctl --force --force reboot
o
2- senza riavvio, spostando solo i file di sessione
mv /run/systemd/system/session-*.scope /tmp/