Soluzione 1:
Con adeguato privilegio
iptables-save > /some/file
salverà la configurazione di iptables in /some/file
e
iptables-restore < /some/file
ripristinerà la configurazione salvata da /some/file
.
Soluzione 2:
Questo dovrebbe fare il trucco. Scrive le tue regole in /etc/sysconfig/iptables; se (ri)avvii iptables dopo averlo fatto, le tue regole dovrebbero essere lì :)
/sbin/service iptables save