Soluzione 1:
Quanto segue eseguirà lo script il 1° gennaio, aprile, luglio e ottobre alle 03:30
30 03 01 Jan,Apr,Jul,Oct * /path/to/script
In alternativa, ma meno ovvio
30 03 01 */3 * /path/to/script
Verrà eseguito ogni tre mesi alle 03:30 del 1° gennaio, aprile, luglio e ottobre.
Soluzione 2:
Wikipedia ha una bella spiegazione su come configurare Cron.
Per il tuo caso specifico potresti eseguire un'espressione Cron da eseguire ogni 3 mesi, ovviamente cambia i mesi in base al tuo programma.
0 0 1 JAN,APR,JUL,OCT * /path/to/script.bash
Soluzione 3:
La risposta accettata è buona, ma userei un'alternativa con numeri più semplici e più facili da leggere:https://crontab.guru
0 0 1 */3 *
Leggi così:"Alle 00:00 del giorno del mese 1 ogni 3 mesi."