Perché mi sembra di perdere dati usando questa costruzione di pipe bash?

Perché il nc comando all'interno di <(...) leggerà anche da stdin.

Esempio più semplice:

$ nc -l 9999 >/tmp/foo &
[1] 5659

$ echo text | cat <(nc -N localhost 9999) -
[1]+  Done                    nc -l 9999 > /tmp/foo

Dove è finito il text andare? Attraverso netcat.

$ cat /tmp/foo
text

Il tuo programma e nc competere per lo stesso stdin e nc ne riceve un po'.

epoll() o poll() restituiti con E/POLLIN ti diranno solo che un singolo read() può non bloccare.

Non che sarai in grado di eseguire molti read() di un byte fino a una nuova riga, come fai tu.

Dico può perché un read() dopo epoll() restituito con E/POLLIN potrebbe ancora bloccarsi.

Il tuo codice proverà anche a leggere oltre EOF e ignorerà completamente qualsiasi errore read().