Quindi, dopo ore di insensate ricerche su Google e aiuto, il problema è stato scoperto. Stavo generando le mie chiavi ssh con ssh-keygen e ho aggiunto un argomento aggiuntivo "-o" che ha generato le chiavi in un nuovo formato per openSSH. Il problema era che il mio gnome-keyring non supportava tali chiavi poiché le chiavi avevano lo schema di firma Ed255519. Gnome-keyring non lo supporta dalla versione 3.20. Sono tornato a RSA e niente più problemi!.
Nel mio caso il problema era che il portachiavi GNOME conteneva una passphrase non valida per la chiave ssh da utilizzare. Dopo aver trascorso una quantità di tempo indecente a risolvere questo problema, ho eseguito seahorse e ho trovato la voce per contenere una stringa vuota.
Posso solo supporre che sia stato causato da una digitazione errata della passphrase al primo utilizzo qualche tempo prima, e quindi probabilmente dall'annullamento del richiedente o giù di lì per tornare alla riga di comando.
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L'aggiornamento della voce con la passphrase corretta ha risolto immediatamente il problema.
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L'eliminazione di quella voce (dal portachiavi "login") e il reinserimento della passphrase al primo prompt (e la selezione della casella di controllo appropriata) risolve anche questo.
Ora l'agente ottiene la passphrase corretta dal portachiavi sbloccato all'accesso denominato "login" e non richiede più la passphrase né "rifiuta l'operazione". Ovviamente YMMV.