FWIW, ho avuto lo stesso problema con una stampante per etichette Brother QL-1050, sotto Debian Sid. Non si trattava di un bug dell'applicazione come suggerito nei commenti, ma di un problema di CUPS/driver. Puoi confermarlo eseguendo lp o lpr e vedi se anche questo è interessato :
lp -d YOURPRINTER -n 2 /some/file.pdf
lpr -P YOURPRINTER -# 2 /some/file.pdf
Sono riuscito a risolvere il problema modificando /usr/lib/cups/filter/brother_lpdwrapper_ql1050 e modificando la riga
CUPSOPTION=`echo "$5 Copies=$4" | sed -e …
in
CUPSOPTION=`echo "$5" | sed -e …
(Copies=1 funziona anche).
Immagino che il numero di copie sia stato inserito due volte in qualche modo.
Ci deve essere un file simile per la tua stampante, e anche se immagino il nome e la definizione di CUPSOPTION può variare, queste opzioni sono probabilmente definite lì.