Puoi usare ncat - che ha anche una porta Windows - per trasferire i dati in rete. Su un sistema lo esegui in modalità "ascolto", dove si collega a una porta, sull'altro sistema ti connetti a quella porta sull'altra macchina. Questo crea un tubo bidirezionale. Su Linux puoi scegliere tra più varianti (GNU netcat, BSD netcat, socat...). Oltre all'ovvia pagina man, puoi anche dare un'occhiata all'articolo netcat di wikipedia.
Nota:su entrambi i sistemi li esegui nel terminale (riga di comando di Windows, shell Unix) - il copia-incolla deve avvenire due volte:su una macchina copi dal sorgente e lo incolli nel terminale che sta eseguendo ncat. I dati vengono trasferiti all'altra macchina, dove li copi dal terminale alla sua destinazione finale.
Un'altra opzione è scambiare file su una condivisione Windows (Samba su Linux).