Dai un'occhiata a Linux From Scratch, LFS ha un tutorial che ti insegna come costruire il tuo sistema Linux, una volta capito che puoi selezionare un gestore di pacchetti e un set di pacchetti creando così la tua distribuzione.
Una cosa per rendere la risposta un po' più completa, ArchLinux è una distribuzione Linux che utilizza quasi il 100% di pacchetti vanilla. Ciò significa che quasi nessuna patch viene eseguita dai manutentori della distribuzione. Inoltre non ha un set predefinito di pacchetti come fanno le distribuzioni *buntu.
Queste caratteristiche rendono Arch una distro molto personalizzabile. È la tua "distro personale" nel senso che è la tua configurazione. Ma non come in LFS dove è il proprio kernel, moduli, pacchetti...
Il progetto Yocto è un "costruttore di distribuzione".
C'è un'ampia documentazione e un builder grafico, chiamato Hob.
Aggiornamento dal 2017
Secondo il sito Web di Yocto, il progetto Hob è stato deprecato e il sostituto si chiama Toaster.
Parte della risposta dipende da cosa intendi per tua distribuzione. se intendi una versione di Linux creata su misura per i tuoi scopi da utilizzare sulle tue macchine, o anche nel tuo ufficio, ci sono un paio di strumenti piuttosto interessanti che ti consentono di personalizzare le distribuzioni esistenti che funzionano.
http://www.centos.org/docs/5/html/Installation_Guide-en-US/ch-kickstart2.html copre le installazioni kickstart di CentOS (si applica anche a Scientific, Fedora e RedHat.) C'è anche http://susestudio .com/ che ti consente di creare un disco di installazione personalizzato di SuSe Linux, il che significa che puoi ottenere subito i pacchetti che desideri installare. Il vantaggio di questo metodo, ancora di più con il kickstart, è che puoi scegliere i singoli pacchetti e tralasciare tutto ciò di cui non vuoi preoccuparti, ma ottieni anche i vantaggi di sapere che i pacchetti aggiornati saranno disponibili per te e funzioneranno senza una quantità significativa di test e spese generali da parte tua.
Se stai solo cercando di farlo apparire come vuoi tu, schermate iniziali personalizzate, loghi, ecc., ci sono un sacco di guide disponibili per apportare questo tipo di modifiche.
Ora, se vuoi davvero solo ottenere dadi e bulloni e fare davvero le tue cose, allora il suggerimento di @vfbsilva di guardare LFS è insostituibile. Impari davvero come si mettono insieme le cose e quali sono i requisiti per realizzare Linux... beh, Linux. Tuttavia, farlo un paio di volte mi è bastato personalmente per rendermi conto che non volevo avere a che fare con la ricostruzione di ogni pacchetto che aveva un aggiornamento di sicurezza rilasciato su base settimanale. :)