Per espandere la risposta di Max:i processori con hyperthreading segnalano due core al sistema operativo quando c'è davvero un singolo core fisico. Linux vede 4 core, ma il tuo processore ha 2 core fisici.
Il core fisico ha capacità di pianificazione avanzate e alcuni transistor extra per gestire il secondo thread, ma per molte applicazioni a uso intensivo del processore l'hyperthreading non offre un reale vantaggio.
Nel mio campo, confrontiamo le applicazioni che verranno eseguite su un sistema e disabilitiamo l'hyperthreading nel BIOS se ostacola le prestazioni.
MODIFICA:
Se carico metà dei core utilizzando cat /dev/urandom > /dev/null ecco cosa ottengo su un moderno Xeon con CentOS 6:
top - 19:32:38 up 1 day, 8:17, 3 users, load average: 12.13, 8.73, 4.07
Tasks: 694 total, 13 running, 681 sleeping, 0 stopped, 0 zombie
Cpu(s): 0.0%us, 50.4%sy, 0.0%ni, 49.6%id, 0.0%wa, 0.0%hi, 0.0%si, 0.0%st
Mem: 49552656k total, 2693452k used, 46859204k free, 186448k buffers
Swap: 15999992k total, 0k used, 15999992k free, 469560k cached
PID USER PR NI VIRT RES SHR S %CPU %MEM TIME+ COMMAND
21193 root 20 0 98.5m 560 452 R 100.0 0.0 6:23.31 cat
21194 root 20 0 98.5m 560 452 R 100.0 0.0 6:22.76 cat
21195 root 20 0 98.5m 560 452 R 100.0 0.0 6:22.38 cat
21201 root 20 0 98.5m 560 452 R 100.0 0.0 6:21.98 cat
21202 root 20 0 98.5m 560 452 R 100.0 0.0 6:21.62 cat
21203 root 20 0 98.5m 560 452 R 100.0 0.0 6:21.36 cat
21206 root 20 0 98.5m 560 452 R 100.0 0.0 6:20.43 cat
21187 root 20 0 98.5m 560 452 R 99.6 0.0 6:24.45 cat
21204 root 20 0 98.5m 560 452 R 99.6 0.0 6:21.03 cat
21205 root 20 0 98.5m 560 452 R 99.6 0.0 6:20.73 cat
21213 root 20 0 98.5m 560 452 R 99.6 0.0 6:20.09 cat
21214 root 20 0 98.5m 560 452 R 99.6 0.0 6:19.70 cat
Sono passati più di quattro anni e, per essere onesti, mi ero completamente dimenticato di questa domanda e sono tornato solo perché ho visto che avevo ricevuto una Domanda degna di nota distintivo per esso.
Il problema era tangente relativo all'hyperthreading, ma come ho sempre fatto notare ai rispondenti, non era così la causa del 50% di inattività.
La causa aveva a che fare con una configurazione dei tick dinamici del kernel configurata in modo inappropriato. Stavo eseguendo Gentoo e usando un kernel personalizzato. Dopo aver aggiornato il kernel, a metà del 2012, il problema si è risolto da solo.