Ho trovato qualcuno che faceva una domanda simile:MySQL> La tabella non esiste. Ma lo fa (o dovrebbe).
Mike Dacre ha avuto la risposta che ha risolto il mio problema. Il problema era che ib_logfile0 e ib_logfile1 (e forse alcuni degli altri file ib* nella directory mysql/root) non erano coerenti con la mia nuova installazione di mysql. Non puoi semplicemente inserire i file db dalla vecchia directory mysql/ e aspettarti che funzioni.
Quello che ho fatto per ripristinare il database è stato eseguire il backup del mio attuale /var/lib/mysql/ sulla nuova installazione:
$ sudo service mysql stop # Stop mysql. Command could be different on different distros
$ sudo mv /var/lib/mysql ~/mysql.bku
Quindi copia la directory di backup di emergenza in /var/lib
$ sudo cp -R /media/NAS/Backup/mysql /var/lib/
Quindi impostare le autorizzazioni in modo appropriato (fare riferimento a ~/mysql.bku/ per riferimento se necessario). Potrebbero esserci comandi più efficienti per questo, ma includo ciò che so per completezza nel caso in cui qualcuno con meno esperienza possa averne bisogno.
$ sudo chown -R mysql:mysql /var/lib/mysql
$ sudo find /var/lib/mysql/ -type d -exec chmod 700 {} \;
$ sudo find /var/lib/mysql/ -type f -exec chmod 660 {} \;
$ sudo chmod 644 /var/lib/mysql/debian-5.1.flag # Not sure what this is but the permissions were a bit different so include it just in case
E riavvia mysql
$ sudo service mysql start # Again command might be different on different distros
Quindi ho eseguito il backup dei database di cui avevo bisogno:
$ mysqldump -u root -p mediawiki-1_19_1 -c | gzip -9 > wiki.2012-11-15.sql.gz
Quando ho finito ho rimesso a posto la directory mysql/ e poi ho importato i database dai file di dump.
$ sudo service mysql stop
$ sudo mv /var/lib/mysql ~/mysql-discard # Too nervous to start typing "sudo rm -r /" for /var/lib/mysql, so move it away instead
$ sudo mv ~/mysql.bku /var/lib/mysql
$ sudo service mysql start
Problema risolto, ora ho un'esportazione corretta del database e anche mysql funziona correttamente. Non resta che seguire la guida Ripristino di un wiki dal backup.