Sì, è sicuro. Non c'è nulla di intrinsecamente insicuro nell'avere una directory nascosta sotto /etc. L'unico motivo per cui rkhunter lo segnala è che non è comune che i programmi legittimi lo facciano e, quando lo fa il malware, è meno probabile che tu lo noti altrimenti.
È sicuro nel senso che no, non renderà il sistema instabile, né lo renderà vulnerabile dal punto di vista della sicurezza.
Detto questo, come sottolinea MechMK1, l'unico motivo per utilizzare le directory nascoste è che non riempie le directory degli utenti con lanugine di cui non si preoccupano. Il /etc directory, d'altra parte è inteso per contenere tale lanugine, quindi non vedo perché vorresti nasconderlo.
Per questo motivo, non è previsto action e rkhunter lo contrassegna come qualcosa di sospetto che solo il malware farebbe. Ma puoi farlo anche tu, se lo desideri.