TrueCrypt funziona con Linux, semplicemente non supporta la crittografia completa del disco da sola.
All'interno di Linux, puoi montare un volume TrueCrypt che presenta una negabilità plausibile, e quindi eseguirne semplicemente il chroot.
Oppure, se ti va, fai in modo che il volume contenga un'immagine Docker e "agganciala".
Puoi creare crittografia negabile utilizzando dm-crypt e remote header o crittografia dm-crypt non elaborata e offset del dispositivo a blocchi (1, 2).
Tuttavia, non è facile come TrueCrypt ed è estremamente facile sbagliare, poiché dm-crypt è uno strumento di livello molto basso, ma hai più controllo e flessibilità.