Direi che la più grande differenza è che ArchPwn non è sviluppato così attivamente. (EDIT:vedi BlackArch, questo progetto è rinato!). Succedono molte cose in un anno nel regno della sicurezza. Infatti nell'ultimo anno è stato rilasciato uno strumento per craccare WPA-PSK chiamato Pyrit e può essere trovato su BackTrack.
Ora la controargomentazione è che sia Archlinux che Ubuntu hanno gestori di pacchetti, e anche se è un CD live puoi davvero installare qualsiasi cosa o avere una chiavetta USB con la tua catena di strumenti. Dipende davvero da cosa stai cercando. In effetti nessun Live CD avrà tutto. Invariabilmente avrai bisogno di una chiavetta USB.