Ho riscontrato lo stesso problema. Avevo installato sqlite 3.28.0, ma ricevevo lo stesso errore durante la migrazione.
controllando l'output dell'errore ho potuto vedere che la riga 63 del file base.py ha sollevato l'eccezione a causa della chiamata della funzione sqlite_version_info.
puoi vedere la specifica a questo link:Specifica DB-API 2.0
sqlite3.sqlite_version_info
"Il numero di versione della libreria SQLite di runtime, come tupla di numeri interi."
La soluzione che ho trovato dopo alcuni test è stata impostare LD_LIBRARY_PATH con il percorso del nuovo sqlite:
export LD_LIBRARY_PATH="/usr/local/lib"
Dopo aver impostato questa variabile, puoi controllare il risultato con un piccolo script python:
from sqlite3 import dbapi2 as Database
print(Database.sqlite_version_info)
e il risultato dovrebbe essere qualcosa del genere:(3,28,0)
Con questo approccio ho potuto migrare e continuare l'installazione di Django. Aggiornerò questo post nel caso in cui troverò altre soluzioni. Spero che questo aiuti