La mia idea è uno script Python come questo:
import pandas as pd
filename=argv[1]
df = pd.read_excel(filename,sheet_name="Sheet1").ix[:-3] ## read the xlsx without last 3 rows to a dataframe
df.write_excel("output_sheet.xlsx") #write dataframe to xlsx file
per controllare "non-vuoto" puoi usare df.notna()