Questo dovrebbe farlo:
https://stackoverflow.com/questions/11145270/bash-replace-an-entire-line-in-a-text-file
L'intestazione dovrebbe essere solo la prima riga del tuo file, quindi se usi N =1 e riscrivi la riga con le intestazioni desiderate, quindi:
sed -i '1s/.*/One, h2, Three/' file.csv
lo farà